Para optimizar MySQL podemos ejecutar el script MySQLTuner, que nos dará valiosos consejos para modificar la configuración de MySQL.
Podemos descargarlo y ejecutarlo con:
wget mysqltuner.pl
perl mysqltuner.pl
En el probable caso de que nos recomiende optimizar las tablas, podemos hacerlo con el comando:
mysqlcheck -optimize -A -u root -p
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